1999年度ドラフト・セリーグ
中日ドラゴンズ
| １位 | 朝倉 健太 | 投手 | 東邦高 |
| ２位 | 福沢 卓宏 | 投手 | 滝川二高 |
| ３位 | 山北 茂利 | 投手 | トヨタ自動車 |
| １位は河内貴哉で広島、近鉄と競合、抽選で外れる ２位は田中賢介で日本ハム、西武と競合、抽選で外れる |
読売ジャイアンツ
| １位 | 高橋 尚成 | 投手 | 東芝 |
| ２位 | 谷 浩弥 | 投手 | 田村コピー |
| ３位 | 佐藤 宏志 | 投手 | 亜大 |
| ４位 | 内薗 直樹 | 投手 | 三菱重工長崎 |
| ５位 | 条辺 剛 | 投手 | 阿南工高 |
| ６位 | 十川 孝富 | 内野手 | 大阪商大 |
| ７位 | 宮崎 一彰 | 内野手 | 法大卒 |
横浜ベイスターズ
| １位 | 田中 一徳 | 外野手 | ＰＬ学園高 |
| ２位 | 木塚 敦志 | 投手 | 明大 |
| ３位 | 村西 哲幸 | 投手 | 比叡山高 |
| ４位 | 鈴木 寛樹 | 投手 | 掛川西高 |
| ５位 | 南 竜介 | 投手 | 報徳学園高 |
| ６位 | 七野 智秀 | 内野手 | ＰＬ学園高 |
| ７位 | 中野渡 進 | 投手 | 三菱自動車川崎 |
| ８位 | 八馬 幹典 | 内野手 | 三菱自動車京都 |
ヤクルトスワローズ
| １位 | 野口 祥順 | 内野手 | 藤代高 |
| ２位 | 藤井 秀悟 | 投手 | 早大 |
| ３位 | 米野 智人 | 捕手 | 北照高 |
| ４位 | 細見 直樹 | 捕手 | 比叡山高 |
| ５位 | 花田 真人 | 投手 | 中大 |
| ６位 | 本間 忠 | 投手 | 野田サンダース |
広島東洋カープ
| １位 | 河内 貴哉 | 投手 | 国学院久我山高 |
| ２位 | 木村 一喜 | 捕手 | 日本通運 |
| ３位 | 栗原 健太 | 内野手 | 日大山形高 |
| ４位 | 末永 真史 | 外野手 | 佐賀東高 |
| ５位 | 佐竹 健太 | 投手 | ＮＫＫ |
| ６位 | 苫米地鉄人 | 投手 | 山梨学院大付高 |
| ７位 | 松本 奉文 | 内野手 | 亜大 |
| ８位 | 長崎 元 | 外野手 | 平塚学園高 |
阪神タイガース
| １位 | 的場 寛壱 | 内野手 | 九州共立大 |
| ２位 | 吉野 誠 | 投手 | 日大 |
| ３位 | 岡本 浩二 | 投手 | 東邦高 |
| ４位 | 新井 亮司 | 捕手 | 児玉高 |
| ５位 | 上坂太一郎 | 外野手 | 王子製紙春日井 |
| ６位 | 窪田 淳 | 投手 | 帝京大 |
| ７位 | 松田 匡司 | 外野手 | シダックス |
| ８位 | 高山 智行 | 内野手 | 箕島高卒 |
※ 赤字は逆指名選手
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