2006年度巨人 来る人去る人
来る人
| 投手 | 金刃 憲人 | 立命大 | 希望入団枠 |
| 上野 貴久 | NTT東日本 | 大ドラフト3巡 | |
| 深沢 和帆 | 四国・香川 | 大ドラフト5巡 | |
| 深町 亮介 | 中京大 | 大ドラフト7巡 | |
| 鈴木 誠 | JR東日本 | 育ドラフト1巡 | |
| 大抜 亮祐 | 中京 | 育ドラフト7巡 | |
| 門倉 健 | 横浜 | FA | |
| 吉武真太郎 | ソフトバンク | FA補償 | |
| 捕手 | 伊集院峰弘 | 鹿児島実 | 高ドラフト4巡 |
| 内野手 | 円谷 英俊 | 青学大 | 大ドラフト4巡 |
| 寺内 崇幸 | JR東日本 | 大ドラフト6巡 | |
| 坂本 勇人 | 光星学院 | 高ドラフト1巡 | |
| 田中大二郎 | 東海大相模 | 高ドラフト3巡 | |
| 芦沢 明 | シダックス | 育ドラフト5巡 | |
| 小笠原道大 | 日本ハム | FA | |
| 小田嶋正邦 | 横浜 | トレード | |
| 外野手 | 下山 学 | 青森大 | 育ドラフト2巡 |
| 松本 哲也 | 専大 | 育ドラフト3巡 | |
| 隠善 智也 | 広島国際学院大 | 育ドラフト4巡 | |
| 作田 啓一 | 苫小牧駒大 | 育ドラフト6巡 | |
| 大道 典嘉 | ソフトバンク | トレード | |
| 谷 佳知 | オリックス | トレード | |
| ホリンズ | デビルレイズ | 外国人 | |
| コーチ | 伊原 春樹 | 野手総合 | 評論家 |
| 伊勢 孝夫 | 打撃補佐 | 調査担当 | |
| 藤田 浩雅 | 育成担当兼副寮長 | ファンサービス部 | |
| 玉木 重雄 | 2軍投手補佐 | 楽天 | |
| 内藤 重人 | 2軍トレーニング | ヤクルトコーチ | |
| 宮本 英治 | 2軍育成担当 | 西武コーチ |
去る人
| 投手 | 呉猛（ウー・モン） | 北京タイガース |
| 鴨志田貴司 | オリックス | |
| 工藤 公康 | 横浜 | |
| 桑田 真澄 | パドレス | |
| グローバー | デビルレイズ | |
| 佐藤 宏志 | 楽天 | |
| 伊達 昌司 | 未定 | |
| 平岡 政樹 | 球団職員 | |
| 南 和彰 | 米球界挑戦 | |
| 捕手 | 原 俊介 | 未定 |
| 横川 雄介 | 阪神ブルペン捕手 | |
| 内野手 | 安旭（アン・シュウ) | 中国球界希望 |
| アリアス | 現役続行希望 | |
| 大須賀 允 | 広島 | |
| 黒田 哲史 | 西武 | |
| 小久保裕紀 | ソフトバンク | |
| 崔暁（ツィ・シャオ） | 中国球界希望 | |
| ディロン | マーリンズ | |
| 長田 昌浩 | オリックス | |
| 仁志 敏久 | 横浜 | |
| 外野手 | 大西 崇之 | スカウト |
| 十川 雄二 | 未定 | |
| 堀田 一郎 | 球団職員 | |
| コーチ | 近藤 昭仁 | 総括ディレクター |
| 井上 真二 | スカウト | |
| 水沢 薫 | 未定 |
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