1999年度ドラフト・パリーグ
福岡ダイエーホークス
| １位 | 田中 総司 | 投手 | 立命大 |
| ２位 | 広田 庄司 | 投手 | 日本通運 |
| ３位 | 的場 直樹 | 捕手 | 明大 |
| ４位 | 川崎 宗則 | 内野手 | 鹿児島工高 |
| ５位 | 田中 瑞季 | 内野手 | 柳川高卒 |
西武ライオンズ
| １位 | 高山 久 | 内野手 | 九州学院高 |
| ２位 | 真山 竜 | 投手 | 仙台育英高 |
| ３位 | 大島 裕行 | 外野手 | 埼玉栄高 |
| ４位 | 猪爪 義治 | 投手 | 埼玉大深谷高卒 |
| ５位 | 貝塚 政秀 | 捕手 | 三菱重工長崎 |
| ６位 | 青木 勇人 | 投手 | 同志社大 |
| ７位 | 後藤 光貴 | 投手 | 大和銀行 |
| ２位は田中賢介で日本ハム、中日と競合、抽選で外れる |
オリックスブルーウェイブ
| １位 | 山口 和男 | 投手 | 三菱自動車岡崎 |
| ２位 | 葛城 育郎 | 外野手 | 立命大 |
| ３位 | 迎 祐一郎 | 投手 | 伊万里商高 |
| ４位 | 岩下 修一 | 投手 | 三菱自動車岡崎 |
千葉ロッテマリーンズ
| １位 | 高橋 薫 | 投手 | 日本通運 |
| ２位 | 清水 直行 | 投手 | 東芝 |
| ３位 | 戸部 浩 | 投手 | 東芝 |
| ４位 | 塀内 久雄 | 内野手 | 三瓶高 |
日本ハムファイターズ
| １位 | 正田 樹 | 投手 | 桐生第一高 |
| ２位 | 田中 賢介 | 内野手 | 東福岡高 |
| ３位 | 吉崎 勝 | 投手 | ミキハウス |
| ４位 | 佐々木貴賀 | 投手 | 高松西高 |
| ５位 | 藤崎 大輔 | 捕手 | 中央学院高 |
| ６位 | 神島 崇 | 投手 | インディアンヒルズ短大卒 |
| ７位 | 遠藤 良平 | 投手 | 東大 |
大阪近鉄バファローズ
| １位 | 宮本 大輔 | 投手 | 延岡学園高 |
| ２位 | 高木 康成 | 投手 | 静岡高 |
| ３位 | 前田 忠節 | 内野手 | 東洋大 |
| ４位 | 山下 勝己 | 内野手 | 近大 |
| ５位 | 岩隈 久志 | 投手 | 堀越高 |
| ６位 | 鷹野 忠寿 | 外野手 | 日産自動車 |
| ７位 | 覚前 昌也 | 外野手 | ＰＬ学園高 |
| ８位 | 奈良 将史 | 投手 | 東北福祉大 |
| ９位 | 吉川 勝成 | 投手 | 龍谷大 |
| １位は河内貴哉で広島、中日と競合、抽選で外れる |
※ 赤字は逆指名選手
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